Foota's Achievements

Masayo Harada, Hirotaka Murakami, Akihiko Okawa, Noriaki Okimoto, Shuichi Hiraoka, Taka Nakahara, Ryogo Akasaka, Yo-ichi Shiraishi, Noriyuki Futatsugi, Yoko Mizutani-Koseki, Atsushi Kuroiwa, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Makoto Taiji, Sachiko Iseki, David M Ornitz and Haruhiko Koseki. FGF9 monomer.dimer equilibrium regulates extracellular matrix affinity and tissue diffusion. Nat. Genet. 41(3) 289-298 (2009)
Atsushi Suenaga, Tetsu Narumi, Noriyuki Futatsugi, Ryoko Yanai, Yousuke Ohno, Noriaki Okimoto, and Makoto Taiji. Folding Dynamics of 10-Residue Beta-Hairpin Peptide Chignolin. Chem. Asian J. 2, 591-598 (2007)
Atsushi Suenaga., Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi, Yoshinori Hirano, Tetsu Narumi, Yousuke Ohno, Ryoko Yanai, Takatsugu Hirokawa, Toshikazu Ebisuzaki, Akihiko Konagaya, and Makoto Taiji. Structure and dynamics of RNA polymerase II elongation complex. Biochem. Biophys. Res. Commun. 343, 90-98 (2006)
Atsushi Suenaga, Naoki Takada, Mariko Hatakeyama, Mio Ichikawa, Xiaomei Yu, Kentaro Tomii, Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi, Tetsu Narumi, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Akihiko Konagaya, and Makoto Taiji. Novel Mechanism of Interaction of p85 Subunit of Phosphatidylinositol 3-Kinase and ErbB3 Receptor-derived Phosphotyrosyl Peptides. J. Biol. Chem. 280, 1321-1326 (2005)
T. Koishi, S. Yoo, K. Yasuoka, X. C. Zeng, T. Narumi, R. Susukita, A. Kawai, H. Furusawa, A. Suenaga, N. Okimoto, N. Futatsugi, and T. Ebisuzaki. Nanoscale Hydrophobic Interaction and Nanobubble Nucleation. Phys. Rev. Lett. 93, 185701 (2004).
Noriaki Okimoto, Takashi Nakamura, Atsushi Suenaga, Noriyuki Futatsugi, Yoshinori Hirano, Isamu Yamaguchi, and Toshikazu Ebisuzaki. Cooperative Motions of Protein and Hydration Water Molecules: Molecular Dynamics Study of Scytalone Dehydratase. J. Am. Chem. Soc. 126, 13132-13139 (2004)
Atsushi Suenaga, Anatoly B. Kiyatkin, Mariko Hatakeyama, Noriyuki Futatsugi, Noriaki Okimoto, Yoshinori Hirano, Tetsu Narumi, Atsushi Kawai, Ryutaro Susukita, Takahiro Koishi, Hideaki Furusawa, Kenji Yasuoka, Naoki Takada, Yousuke Ohno, Makoto Taiji, Toshikazu Ebisuzaki, Jan B. Hoek, Akihiko Konagaya, and Boris N. Kholodenko. Tyr317 phosphorylation increses Shc structural rigidity and reduces coupling of domain motions remote from the phosphorylation site as revealed by molecular dynamics simulations. J. Biol. Chem. 279, 4657-4662 (2004)
Yasuyuki Fujii, Noriaki Okimoto, Masayuki Hata, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, Ryutaro Susukita, Atsushi Suenaga, Noriyuki Futatsugi, Takahiro Koishi, Hideaki Furusawa, Atsushi Kawai, Toshikazu Ebisuzaki, Saburo Neya, and Tyuji Hoshino. Molecular dynamics study on class A β-lactamase: hydrogen bond network among the functional groups of penicillin G and side chains of the conserved residues in the active site. J. Phys. Chem. B. 107, 10274-10283 (2003)
Atsushi Suenaga, Mariko Hatakeyama, Mio Ichikawa, Xiaomei Yu, Noriyuki Futatsugi, Tetsu Narumi, Kazuhiko Fukui, Takaho Terada, Makoto Taiji, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, and Akihiko Konagaya. Molecular dynamics, free energy, and SPR analyses of the interactions between the SH2 domain of Grb2 and ErbB phosphotyrosyl peptides. Biochemistry. 42, 5195-5200 (2003)
Noriaki Okimoto, Kazunori Yamanaka, Atsushi Suenaga, Yoshinori Hirano, Noriyuki Futatsugi, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, Ryutaro Susukita, Takahiro Koishi, Hideaki Furusawa, Atsushi Kawai, Masayuki Hata, Tyuji Hoshino, and Toshikazu Ebisuzaki. Molecular dynamics simulations of prion proteins - Effect of Ala117->Val mutation -. Chem-Bio Informatics J. 3, 1-11 (2003)
Noriyuki Futatsugi and Minoru Tsuda. Molecular dynamics simulations of Gly12->Val mutant of p21ras: dynamic inhibition mechanism. Biophys. J. 81, 3483-3488 (2001)
Noriyuki Futatsugi, Masayuki Hata, Tyuji Hoshino, and Minoru Tsuda. Ab initio calculations of the molecular switching mechanism of Ras p21. RIKEN Rev. 29, 85-87 (2000)
Noriyuki Futatsugi, Masayuki Hata, Tyuji Hoshino, and Minoru Tsuda. Ab initio study of the role of lysine 16 for the molecular switching mechanism of Ras protein p21. Biophys. J. 77, 3287-3292 (1999)
Noriyuki Futatsugi, Masayuki Hata, and Minoru Tsuda. The importance of the role of lysine 16 and GAP on the molecular switching mechanism of Ras protein p21. Nippon Kagaku Kaishi. 7, 516-522 (1997)

二木紀行、沖本憲明、末永敦、藤秀義、成見哲、大野洋介、野内涼子、泰地真弘人、「薬剤特異性の計算機シミュレーション解析による医薬品副作用の予測」バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS) 2008、東京、2008年12月
Noriyuki Futatsugi, Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Hideyoshi Fuji, Tetsu Narumi, Yousuke Ohno, Ryoko Yanai, Makoto Taiji. In Silico Prediction of Side Effect via the Specificities of Kinase Inhibitors. Chem-Bio Informatics Society Year 2008, Tokyo, Oct. 2008.
二木紀行、「分子動力学シミュレーションによる医薬品副作用の予測」第１回理研ケミカルバイオロジー研究領域国際シンポジウム、熱海、2008年9月
Noriyuki Futatsugi, Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Hideyoshi Fuji, Tetsu Narumi, Yousuke Ohno, Ryoko Yanai, Makoto Taiji. In Silico Prediction of Side Effects on Drug Development. 1st Joint Workshop on Computational Science. Wako. Jul. 2008.
Noriyuki Futatsugi, Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Hideyoshi Fuji, Tetsu Narumi, Yousuke Ohno, Ryoko Yanai, Makoto Taiji. In Silico Prediction of Side Effects on Drugt Development. Chem-Bio Informatics Society Year 2007, Hiroshima, Oct. 2007.
Noriyuki Futatsugi, Mikako Shirouzu, Atsushi Suenaga, Noriaki Okimoto, Tetsu Narumi, Toshikazu Ebisuzaki, Shigeyuki Yokoyama, Akihiko Konagaya, Makoto Taiji, Prediction of Protein-Protein Interactions by using Molecular Dynamics: One-Point Mutation Makes Different Patterns of Binding Affinities in the Ras-Raf1 and Ras-RalGDS complexes. 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress, Kyoto, Jun. 2006.
Noriyuki Futatsugi, Mikako Shirouzu, Atsushi Suenaga, Noriaki Okimoto, Tetsu Narumi, Toshikazu Ebisuzaki, Shigeyuki Yokoyama, Akihiko Konagaya, Makoto Taiji, Structural analysis by molecular dynamics simulations: Protein-protein interactions of Ras-Raf and Ras-RalGDS complexes. Chem-Bio Informatics Society Year 2005, Yokohama, Aug. 2005.
二木紀行、白水美香子、末永敦、沖本憲明、成見哲、戎崎俊一、横山茂之、泰地真弘人、小長谷明彦、「分子動力学計算によるプロテオーム構造分析: タンパク質間相互作用モデル化研究」日本生物物理学会第42回年会、京都、2004年12月
二木紀行、白水美香子、末永敦、沖本憲明、成見哲、戎崎俊一、「Rasタンパク質複合体によるタンパク質間相互作用モデル化研究」 CBI学会 2004年大会、東京、2004年7月
Noriyuki Futatsugi, Mikako Shirouzu, Atsushi Suenaga, Noriaki Okimoto, Tetsu Narumi, Toshikazu Ebisuzaki, Shigeyuki Yokoyama, Makoto Taiji, and Akihiko Konagaya. Modeling protein-protein interaction: Ras-Raf and Ras-RalGDS complexes. The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), Yokohama, Apr. 2004.
二木紀行、白水美香子、末永敦、沖本憲明、成見哲、戎崎俊一、泰地真弘人、小長谷明彦、横山茂之「Rasタンパク質複合体によるタンパク質間相互作用モデル化研究」日本分子生物学会第26回年会、神戸、2003年12月
二木紀行、沖本憲明、末永敦、泰地真弘人、小長谷明彦「変異Ras p21における動的阻害について」分子シミュレーション研究会第16回分子シミュレーション討論会、新潟、2002年12月
Noriyuki Futatsugi, Atsushi Suenaga, Tetsu Narumi, Makoto Taiji, and Akihiko Konagaya. Large scale protein simulations with a molecular dynamics machine. ISGO International Conference on Structural Genomics, Berlin, Germany, Oct. 2002.
二木紀行、津田穰、泰地真弘人、小長谷明彦「変異Ras p21における動的阻害について」 CBI学会第3回大会(2002年大会)、東京、2002年9月
Noriyuki Futatsugi, Tetsu Narumi, and Akihiko Konagaya. Large Scale Protein Simulations with a Molecular Dynamics Machine (MDM). Canada-UK-Japan Joint Symposium, Yokohama, Feb. 2002.
二木紀行、沖本憲明、末永敦、成見哲、川井敦、薄田竜太郎、古石貴裕、古沢秀明、泰岡顕治、小長谷明彦、戎崎俊一「分子動力学専用計算機(MDM)を使用した大規模生体高分子シミュレーション」分子シミュレーション研究会第15回分子シミュレーション討論会、東京、2001年12月
二木紀行、沖本憲明、末永敦、成見哲、川井敦、泰岡顕治、戎崎俊一「分子動力学専用計算機へのAMBERプログラムの移植開発および実用化に向けた性能評価」日本薬学会第121年会、札幌、2001年3月
二木紀行、沖本憲明、末永敦、成見哲、川井敦、泰岡顕治、戎崎俊一「分子動力学専用計算機へのAMBERプログラムの移植開発および実用化に向けた性能評価」分子シミュレーション研究会第14回分子シミュレーション討論会、名古屋、2001年1月
二木紀行、畑晶之、星野忠次、津田穰「Gタンパク質におけるGTPase反応メカニズムの研究」情報計算化学生物学会(CBI) ミレニアムシンポジウム、東京、2000年7月
Noriyuki Futatsugi and Toshikazu Ebisuzaki. Ab Initio Calculations of the Molecular Switching Mechanism of Ras p21. Large scale calculation of electronic states, Wako, Nov. 1999.
二木紀行、畑晶之、星野忠次、津田穰「変異Ras p21ががんを誘起する原因について」第26回生体分子科学討論会、横浜、1999年7月
二木紀行、畑晶之、星野忠次、津田穰「Ras p21発がん性変異体ががんを誘起する原因について」日本生物物理学会第36年会、九州、1998年10月
二木紀行、畑晶之、星野忠次、津田穰「Ras蛋白p21の情報伝達制御における活性化蛋白の作用機構について」第23回生体分子の構造と機能に関する討論会、横浜、1996年7月
二木紀行、畑晶之、笈川節子、津田穰「Ras蛋白p21の情報伝達制御の分子機構に関する量子化学的研究(2)」日本薬学会第116年会、金沢、1996年3月
二木紀行、畑晶之、笈川節子、津田穰「Ras蛋白p21の情報伝達制御の分子機構に関する量子化学的研究」日本生物物理学会第33年会、札幌、1995年9月
二木紀行、畑晶之、笈川節子、津田穰「Ras蛋白p21の情報伝達制御の分子機構に関する量子化学的研究」日本薬学会第115年会、仙台、1995年3月

研究業績

学会誌等における誌上発表

学会等における口頭発表

その他の研究業績リスト