Last update 14 Dec. 2004
GaussianやAMBERなどの量子化学計算・分子動力学計算のデータファイル等を読み込んで、その構造をOpenGLを使用して表示・解析を行うソフトウェアパッケージです。多くの分子計算ソフトウェアの入力・出力フォーマットをサポートしており、分子構造の表示、最適化やIRC計算の過程におけるアニメーション、構造の印刷、ビットマップへの出力、原子間距離や角度の表示などの機能を備えています。分子構造に関する多くのフォーマットを扱えるので、量子化学計算や分子動力学計算などの計算技術の違いを意識せずに、シームレスにデータの解析を行えます。
現在、使用可能な機能は下記の通りです。
- 原子間距離、残基の色分けをfxmol.datにより指定可能
- Gaussianの入力/出力ファイルの読み込み
- PDBフォーマットの読み込み
- コマンドラインからファイルの読み込み
- 表示構造をPDB形式/Gaussian入力形式で保存
- 構造の表示(ワイヤーフレーム・ボール&スティック・リボン)
- 複数の構造がある場合、その選択表示
- Gaussianによる最適化やIRC計算の過程のアニメーション
- アニメーションをビットマップ画像で保存
- Ramachandran Plot((φ, ψ)分布図)の表示・保存
- タンパク用高速結合リスト作成ルーチン
- 水素原子の表示/非表示の切替え
- ビットマップへの出力
- 原子間距離・角度・二面角の表示
- 表示する残基の指定
- 色分け(原子別・残基別)
- 印刷・印刷プレビュー
- 背景色の設定
- 文字色の設定
- 終了時に設定を保存
- ウィンドウの表示位置を保存
- アンチエイリアス処理
- その他
- 動作環境
- Windows XP/Windows 2000/Windows NT 4.0/Windows 98
- 開発環境
- Windows XP Professional + Visual C++ .NET 2003
Gaussianデータの表示例:
Gタンパク質Ras p21の活性部位を示しており、左の黒い背景の構造が遷移状態構造で、右の青い背景の構造が固有反応座標計算による反応始原系である。アニメーションにより視覚的に反応を追うことができる。
PDBデータの表示例:
Gタンパク質Ras p21の構造を上に表示している。下は、そのRas p21とGTPase-activating protein(p120GAP)の複合体である。それぞれの右にRamachandran Plot((φ, ψ)分布図)を示している。
PDBデータの表示例:
Gタンパク質Ras p21の活性部位を表示している。FXMOLでは、表示する残基を任意に選ぶことができる。
注意: 本ソフトウェアを使用した際のいかなる不具合およびそれにより発生した損害等に対して作者は責任を負いません。